Penyelenggaraan pendidikan atau proses belajar mengajar sebenarnya baru dimulai pada tanggal 1 maret 1967. Atas keputusan bersama antara dewan guru smea negeri Jaya Pura dan persatuan orang tua wali murid dalam rapatnya tanggal 23 februari 1972 memutuskan dan menetapkan bahwa hari jadi smea negeri Jaya Pura adalah tanggal 1 maret 1967.
Baca Juga : Tim DBL Putri SMKN 2 Jaya Pura Tundukkan Basket Putri SMKN 3 Jayapura
Pada saat smea negeri Jaya Pura dibuka hanya memiliki 1 jurusan jurusan yaitu jurusan tata perusahaan dengan jumlah siswa 42 orang terdiri dari 2 rombongan belajar.dengan peralatan yang sangat minim serta dengan bermodalkan semangat yang tinggi, dibawah bimbingan bapak drs. M. Sartono sebagai pejabat kepala sekolah dan dibantu oleh tiga (3) orang guru tetap yaitu bapak f.x. Suwarno, ny.m.i.sartono, dan ny.m. Suradimaja.
Maka dimulailah pendidikan smea negeri Jaya Pura dengan mengambil tempat penumpang pada gedung sd ypk dok v Jaya Pura.pada tanggal 8 april 1968 smea negeri Jaya Pura pindah ke smep negeri Jaya Pura di hamadi, gedung tersebut sekarang telah menjadi perumahan guru
Mulai tahun 1984 secara bertahap smea negeri Jaya Pura pindah ke gedung yang baru di kotaraja sampai sekarang.
Setelah menempati gedung yang baru smea negeri Jaya Pura dapat berkembang dengan cepat, baik pertambahan siswa, kelas, guru, sarana prasarana maupun tamatannya.
Pada tahun 1969 smea negeri Jaya Pura untuk pertama kalinya meluluskan siswa 19 orang dari 21 orang yang mengikuti ujian. Satu hal yang dapat membanggakan, bahwa untuk prestasi lulusan tahun 1971, untuk pertama kalinya smea negeri Jaya Pura menelorkan / mencetak bintang – bintang juara asal papua yaitu juara 1 dipegang oleh nikolas waroy, juara 2 dipegang oleh jerry p.h. Wamea.
Lustrum pertama smea negeri Jaya Pura dilaksanakan bertepatan dengan hari panca warsanya dengan puncak acara malam pesta dan hiburan pada tanggal 18 maret 1972 bertempat digedung sarinah Jaya Pura. Sebagai koordinatornya adalah ibu elisabeth kailola sinay, ba guru smea negeri Jaya Pura dari tahun 1-8- 1970 beliau pensiun bulan 1 – 10 -2005.
Kepala sekolah mulai 1 januari 1968 dijabat oleh bapak f.x. Suwarno, ba sampai dengan tahun 1977
tahun 1977 sampai dengan 1979 kepala sekolah dijabat ibu elisabet kailola sinay, ba.
Tahun 1979 sampai dengan 1987 kepala sekolah dijabat oleh bapak m. Supomo,ba ( beliau sudah almarhum )
tahun 1987 sampai dengan 1996 kepala sekolah dijabat oleh drs. Simson leks mauri, beliau adalah alumni SMEA NEGERI Jaya Pura angkatan pertama (1) tahun 1969.
Tahun 1996 sampai dengan 1998 kepala sekolah dijabat oleh bapak dominggus gah, tahun 1999 sampai dengan 2003 kepala sekolah dijabat oleh bapak drs. Maks karu, tahun 2003 sampai dengan 2006 kepala sekolah dijabat oleh bapak dominggus letsoin, mulai januari 2007 sampai sekarang kepala sekolah dijabat oleh bapak drs. Hans Hamadi, M.Si
Baca Juga : Jawa Timur Hoboh Soal Patung Cinta
Alumni SMEA Negeri Jaya Pura yang sampai saat ini masih mengabdi/ menjadi guru di smk negeri Jaya Pura antara lain ;IBU. SRI CHRISTYANI, S.PD
BAPAK YOWEL SAMBER, S.PD
BAPAK ELIA WAROMI
BAPAK SUKARDI, S.PD
BAPAK ZETH MAKER
BAPAK ABDULLAH MANILET
IBU SITTI AISA
IBU SRI KUSWATININGSIH
IBU KORNELIA KAWAITOUW,S.SOS
BAPAK ABNER KARUBABA
Pergantian nama smea negeri Jaya Pura menjadi smk negeri 2 Jaya Pura ditetapkan dengan sk menteri pendidikan dan kebudayaan ri no. 036/0/1997. Telah banyak prestasi yang diraih oleh smea/ smk negeri 2 Jaya Pura baik d itingkat kota Jaya Pura, propinsi papua diubahkan mampu berbicara di tingkat nasional yang dibuktikan dengan piagam dan piala yang ada.
Kegiatan proses belajar mengajar di smea / smk negeri Jaya Pura saat ini menggunakan kurikulum tingkat satuan pendidikan (ktsp). Berdasarkan surat direktur dikmenjur ditjen dikdasemen jakarta no. 2380/c.5.3/mn/2005 tanggal 18 agustus 2005, smk negeri 2 Jaya Pura ditetapkan sebagai smk rintisan sbi .
Sebagai tuntutan global untuk mendapat pengakuan dunia internasional smk negeri 2 Jaya Pura telah menetapkan dan mengimplementasikan dokumen iso pada tanggal 1 april 2007 dan mendapatkan sertifikat iso 9001 : 2008 pada tanggal 1 agustus 2007. Sertifikat iso 9001 : 2008 di up date 6 bulan sekali selama 3 tahun berturut-turut dan puji syukur sampai saat ini 2010 sertifikat iso masih dapat dipertahankan.
